航運業包括海運業、內陸運輸及航空業等三大類，其中海運業可依貨載項目與船舶設備區分為貨櫃運輸及散裝運輸。貨櫃航運的營運多採定期航線，主要運載工業製成品，主要航商包括長榮、陽明、立榮及萬海；散裝航運承載物資以民生及工業基本原料之大宗物資如穀物、鋼材、煤炭、鐵礦等為主，因此受全球景氣、天災、戰爭及國內需求等因素影響甚大。主要航商包括裕民、新興與益航等。航空業航商，國際線以華航及長榮航為主，國內線則以遠航為主。
一、散裝航運業
散裝航運主要運送穀物、鐵砂、煤、木材等民生物資或工業基本原料，而三通直航後，貨物因不須經由第三地彎靠，將使得航程相對縮短，不過，由於運費乃根據航程或時間來計算，故對航商來說，反而會造成運費收入短少的情況，故除非未來貨運量能因運費下滑而大幅成長，否則對散裝業航商來說反而會產生負面的影響。影響散裝航運景氣之影響因素可歸納有：1.全球GDP成長率，2.全球鐵礦及煤礦運輸需求量，3.全球穀物運輸需求量，4.全球船噸數供給量，5.其他，如國際船用燃油平均油價、戰爭及天然災害等。目前上市的散裝航運業者包括益航、新興、裕民、遠倉、台航。
二、貨櫃航運業
就貨櫃航運來說，兩岸間互為往來之貨物通常經香港中轉或彎靠，目前直航前每TEU運費約550美元左右，而直航後至少可省去在香港的裝卸費用(THC)約180~200美元/TEU，故整體運輸成本可減少35%以上。就航商而言，直航後省去香港THC部分勢必會回饋於客戶，而基本運費則須視市場實際競爭狀況而定，但預估初期運輸成本的節省並不會完全反應在運費上，是以航商的毛利率將較原先為佳，惟在運費調降後，航商同樣會面臨營收短少的窘境。不過，由於大陸近年來經濟蓬勃發展，至2000年以前進出口的成長率皆維持在兩位數以上，因此，若未來大陸能增闢廣州、大連、上海、青島、天津等國際級大港來與國內直航，或者開放國內航商赴大陸設立分公司直接攬貨，則國內航商因本身已具備國際競爭力，加上同文同種的優勢，是以不但在競爭力上將遠優於國外航商，並且可因大陸經貿成長而受惠良多。目前長榮、陽明、萬海三大集團在大陸的佈局相當完整，陽明在85年與大陸外經貿部合資於香港成立陽凱公司，為國內第一家擁有正式營業據點的船公司，並已與大陸遠洋貨櫃公司(COSCO)策略聯盟，已取得相對優勢；長榮在華北、華中、華南共有14個辦事處，在大陸可直靠鹽田、青島、上海、寧波，透過立榮接舶大陸轉口貨櫃，並以高雄為海運中心經營遠洋航線；萬海在大陸有8個辦事處，並獲得大陸同意開闢東北、華北、華中至中東航線，並可延伸至日本，其經營之中東航線，為華北、華中唯一直航中東的船班。目前上市的貨櫃航運業者包括長榮、陽明、萬海、立榮。
三、空運業
目前經營國際線業者以華航及長榮航空為主，而國內線主力則為遠航。客運的旺季集中在每年的寒、暑假旅遊季節，而貨運旺季則為第四季電子業密集出貨時期。由於短、小、輕、薄的電子產品紛紛以空運出口，使貨運量明顯成長。而我國自1987年開放航空市場以來，由於飛安問題、服務品質問題及財務問題而出現航商合併的情況，使得原本國內航線市場9家航商減為5家，其中華信和國華於1999年8月8日正式合併，而華航也在1999年11月1日將國內航線市場交由華信經營，完全退出國內市場。不過由於市場仍競爭激烈，同時國內航空票價在交通部正式通過「國內航空票價管制方案」，允許航空公司彈性調整價格50%，以改善航空公司獲利不佳的窘境。在兩岸通航方面，雖然政策上空運直航有較多技術上安全考量，但華航、長榮、復興及遠東等航空公司都對兩岸空運直航作準備，與大陸航空公司密切合作。
政府自1987年11月2日開放民眾赴大陸地區探親，初期兩岸航空客運往來大多以香港為第三地進行轉運，之後因澳門機場完工，台澳線通航，於1995年12月又增加以澳門作為轉運點。若以目前我國每年赴大陸探親、觀光、從事商務的旅客約達220萬人次計算，則開放直航後一年約可節省187億元票價支出及1100萬小時的時間成本。此外，雖然直航後運輸成本的節省也會反映至票價上，不過，因為航空業在航權及航班分配上向來具有寡佔的特性，故預期在競爭壓力較小的環境下，爭取到航權的業者其實際受惠程度將遠優於海運業者。其次，依交通部運輸研究所『兩岸航空客運市場之研究』報告分析，預期直航後因票價下跌，將可刺激客運量較直航前成長18.55%，尤其若政府全面開放大陸人士來台觀光，則實際的成長將更為可觀。目前上市上櫃的空運業者包括華航、長榮航、遠航。
相關廠商：
l 散裝航運業：益航、新興、裕民、遠倉、台航
l 貨櫃航運業：長榮、陽明、萬海、立榮
l 空運業：華航、長榮航、遠航
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